7 августа 2009 года Алена Водонаева тайно вышла замуж за Алексея Малакеева. 23 августа 2010 года у пары родился сын Богдан.

В феврале 2012 года стало известно, что Алена не живет вместе с Алексеем. Весной 2012 года Алену неоднократно выдели с бизнесменом Арсением Шаровым.

В январе 2013 года Алена заявила, что у них с Алексеем все хорошо и живут они вместе. Но как оказалось Алена просто пыталась скрыть проблемы в ее семье. В марте того же года телеведущая опубликовала в одной из социальных сетей свадебное фото и написала, что они с Алексеем расстались.