13 октября 1956 года Эннио Морриконе женился на поэтессе Марии Травии, с которой он познакомился в 1950 году. Эннио и Мария воспитали четверых детей: троих сыновей - Марко (родился в 1957 году), Андре (10 октября 1964 года, композитор) и Джованни (родился в 1966 году, кинорежиссер), и дочь Алессандру (родилась в 1961 году).