С 1993 по 1997 была замужем за актёром Брайаном Трэвисом Смитом.

14 февраля 2004 вышла замуж за бывшего рабочего сцены на «Зачарованных» и давнего бойфренда Дэвида Донохо. Воспитывают трёх сыновей: Финли Артура Донохо (род. 26 апреля 2004), Райли Эдварда Донохо (род. 26 октября 2006) и Келли Джеймса Донохо (род. 26 мая 2009). В ноябре 2011 года Холли Мери Комбс подала на развод, в качестве причины указав непримиримые противоречия. Она также добавила, что просит совместную опеку над тремя детьми. Брак с Донохо давно перестал радовать Холли и у неё не осталось другого выхода. Она даже написала на своей страничке в Твиттере, что никаких заявлений она делать не намерена, потому что это очень личное.

Имеет четыре татуировки: Роза на правой лопатке, ленты на обоих запястьях, и бабочка на внутренней стороне левого запястья. Холли сделала себе первую татуировку, когда ей было 16 лет. В интервью журналу «ePregnancy Magazine» Комбс призналась, что курит с пятнадцати лет, когда нервничает, но бросила, как только узнала о первой беременности.

В настоящее время живёт в Бель Каньоне в долине Сан-Фернандо в Лос-Анджелесе с семьёй и многочисленными животными.