Впервые Андрей Краско женился еще будучи студентом. Его первой женой была его однокурсница, актриса Наталья Акимова. Их брак быстро распался.

Во второй раз Андрей женился в начале восьмидесятых на польке Мириам Александрович, которая в то время училась в России. 31 марта 1980 года у супругов родился сын Иван, названный в честь деда. Хотя по документам этот брак существовал долгие годы, вместе супруги почти не жили. Мириам с сыном уехали в Польшу. Ян пошел по стопам деда и отца: он уже снимался в эпизоде в "Агенте национальной безопасности", а в Польше сыграл одну из главных ролей в популярном молодежном сериале.

Помимо двух официальных у Андрея было несколько гражданских браков.

В одном из них с актрисой Маргаритой Звонаревой 17 мая 1998 года у него родился второй сын, Кирилл, названный в честь мамы Андрея.

Еще в одном гражданском браке с Каролиной Поповой 15 сентября 2003 года у Андрея родилась дочь Алиса.

Последние два года рядом с Андреем все время была Светлана Кузнецова.