В 1990-х Роуз Макгоуэн встречалась с Мэрилином Мэнсоном, но отношения длились всего два года. Причины расставания так и не известны.

В 2001 году встречалась с Кипом Парду, но тот поступил в Йельский университет и пара рассталась. В этом же году Роуз встретила Ахмета Заппу, с которым встречалась больше года, в 2002 году пара распалась.

В период с 2002 по 2005 годы Роуз встречалась с Дэвидом Зинцеско, однако и эти отношения закончились.

В начале 2007 года пошли слухи, что у Роуз и Роберта Родригеса роман, в мае этого же года всё подтвердилось, даже было объявлено о помолвке, но 2 октября 2009 года было официально заявлено, что помолвка расторгнута.

12 октября 2013 года Макгоуэн вышла замуж за художника Дейви Дитейла, с которым она начала встречаться в 2012 году.

В 2007 году актриса попадает в ДТП, стёкла от очков повреждают ей глаз и часть лица, после этого переносит несколько пластических операций лица. Изменения небольшие, но заметные для тех, кто знал и видел актрису до аварии.