С 2002 по 2004 год Изабели Фонтана была замужем за моделью Алваро Джакомосси. От этого брака у нее есть сын Зион, который родился в 2003 году.

С 2005 по 2007 год модель была замужем за актером Генри Кастелли, от которого в 2006 году родила сына Лукаса.

В 2011 году Изабели была помолвлена с Роханом Марли, но в начале 2012 года пара рассталась.