У Алены был роман с вратарем киевского «Динамо» Максимом Ковалем.

В ноябре 2012 года Алена Шишкова познакомилась с рэпером Тимати. В начале 2013 года стало известно о их романе. Впервые пара появилась вместе на новогоднем концерте «Песня года». Девушка не принимала участия в выступлении, она просто сопровождала нового парня за сценой. 19 марта 2014 года Алёна Шишкова родила дочку Алису (малышка весит 4 кг, и целых 53 см роста).