Родился 9 апреля 1957 года в бельгийском городе Лювен (Leuven). Учился в Королевской Академии изящных искусств (Royal Academy of Fine Arts) в Антверпене. Недолго был одним из участников Антверпенской шестерки — коллектива авангардных дизайнеров. После окончания в 1980 году Академии, Мартин в течение пяти лет работал один в качестве фрилансера, а с 1984-го по 1987 год ассистировал Жану-Полю Готье. Именно здесь, увидев оборотную сторону славы — назойливость СМИ — дизайнер решает стать невидимкой мира моды.

В 1988 году Маржела встречает Дженни Мейренс, владелицу бутика дизайнерской одежды в Брюсселе. Она считает малоизвестного бельгийца самым талантливым молодым дизайнером, и вместе они основывают марку Maison Martin Margiela, а чуть позже устраивают дебютный показ SS 1989.

Первые шоу дизайнера вызвали ажиотаж в модной общественности: среди повседневных жакетов необычного кроя, дизайнер представляет вечерние платья из кожаного мясницкого фартука и укороченные жакеты из кусков тюлевого бального платья.

В 1989 году Maison Martin Margiela первым в истории получает французскую премию за заслуги в области современной моды ANDAM.

В 1995 году выпускается специальное издание японского журнала Street, опубликовавшее коллекции Maison Martin Margiela с 1989 по 1996 год.

В 1997 году Маржела назначен главным дизайнером линии женской одежды Hermés, с которым сотрудничает вплоть до 2003 года. Легкие минималистические платья, двусторонние свитера, жакеты и пальто возводят марку на пик популярности.

В 1998 году открывается первая персональная выставка Maison Martin Margiela в музее Бойманса Ван Бейнингена в Роттердаме. В стеклянном павильоне представлены восемнадцать манекенов в одежде светлых тонов, созданной за период со дня основания Дома до 1998 года. После этого выставка побывала в Киото, Нью Йорке и Токио. В этом же году Мартин Маржела запускает линию женской обуви, маркированную цифрой «22». На показе модели ходят по подиуму в туфлях, крепившихся к ноге при помощи ленты-уплотнителя. В апреле 1998 года Маржела становится куратором A magazine.

В 2000 в Японии открывается первый зарубежный бутик, расположенный в район Ebisu. В него входят офисы и помещения Kokonoe Corp Ltd, а также магазин на первом этаже. В период с 2000 по 2010 год бутики открываются в разных городах Франции, США, Китая, Германии, Италии и России. В 2002 году Maison Martin Margiela становится частью группы NEUF под руководством Ренцо Россо, владельца Diesel Group.

В 2003 году Маржела открывает четвертую люксовую линию женской одежды: хотя вещи не выполнены полностью вручную как Artisanal, они отличаются фирменной детализацией фактуры и сложностью кроя.

В 2004 году после нескольких переездов головной офис Maison Martin Margiela перебирается в бывший монастырь.

Помимо одежды, Маржела выпускает предметы интерьера, аксессуары, а также парфюмерию. В 2007 году запускается восьмая линия солнечных очков. Маржела создает знаменитые «Инкогнито», очередную интерпретацию фирменной идеи невидимости. В июле 2008 году Маржела выпускает первую коллекцию ювелирных украшений, а в 2010-м под маркой Maison Martin Margiela выходят первые духи “Untitled”.

В октябре 2009 года Ренцо Россо официально подтвердил информацию о том, что основатель и идейный вдохновитель Maison Martin Margiela дизайнер Мартин Маржела покинул пост креативного директора марки.