От брака с Раисой Ахметовновной у Немцова есть дочь Жанна. От журналистки Екатерины Одинцовой есть два ребенка: сын — Антон (1995 г.р.) и дочь — Дина (2002 г.р.).

Также у Немцова есть дочь Софья (2004 г.р.) от его секретаря Ирины Королёвой, которая ранее работала в Администрации Президента РФ. Как пояснил сам Немцов в 2007 году, он не жил со своей женой Раисой, однако разводиться не собирался.

Как утверждает журналист и писатель Игорь Свинаренко, на 50-летнем юбилее Немцова присутствовали все его бывшие гражданские жёны и все его дети.

По сообщениям издания Life News, Немцов провёл рождественские каникулы 2012 года в Дубае с девушкой по вызову в отеле, где номер в сутки стоит более 50 тысяч рублей. По данным издания, с 25-летней Анастасией Огневой Немцов познакомился через агентство Escortmodeli. По словам самого Немцова, Анастасия Огнева была его девушкой, но не девушкой по вызову; он встречался с ней более трёх лет.

Борис Немцов жил в Москве на Малой Ордынке, с 2013 года являлся владельцем квартиры в Ярославле. Также у него был автомобиль Range Rover.