Судьбоносным для личной жизни Алека Болдуина стал фильм «Привычка жениться», на съемках которого начался нашумевший роман Болдуина c актрисой Ким Бейсингер.

После двух лет отношений и долгих ухаживаний Алека 19 августа 1993 года Болдуин и Бейсингер стали мужем и женой. Свадебная церемония проходила неподалеку от родного города, где Алек родился и вырос. В 1995 году у четы Болдуин родилась дочь Ирлэнд Элисс. Однако после 8 лет брака в 2001 году между влюбленными произошел разрыв. Ким Бейсингер с дочерью и Алек Болдуин стали жить отдельно.

30 июня 2012 года Алек женился на Хилари Томас, с которой начал встречаться летом 2011 года.

В феврале 2013 года Алек и Хилари объявили, что ждут ребенка.

23 августа 2013 года жена Алека Болдуина, Хилари Томас, родила дочь Кармен Габриэлу.

В начале января 2015 года стало известно, что жена Алека, Хилари беременна вторым ребенком, и что это будет мальчик.

17 июня 2015 года у пары родился второй ребенок - мальчик. Малышу дали имя Рафаэль Томас Болдуин.