Джордан является четвёртым из пяти детей. У него два старших брата, Лари Джордан и Джеймс Р. Джордан, Мл., одна старшая сестра, Делорис и младшая сестра, Рослин. Брат Джордана Джеймс вышел в отставку в 2006 году в чине команд-сержант-майора 35-й бригады XVIII воздушно-десантного корпуса армии США.

Майкл женился на Хуаните Ваной в сентябре 1989 года и имеет трёх детей: два сына, Джеффри Майкла (1988 г.р.) и Маркус Джеймса (1990 г.р.), а также дочь Жасмин. Хуанита Джордан подала на развод 4 января 2002 года, сославшись на непримиримые различия, но вскоре после этого примирилась с мужем. Они вновь подали на развод и расторгли брак 29 декабря 2006 года, заявив, что решение было принято «взаимно и дружно». Хуанита получила $ 168 млн отступных, что сделало этот развод крупнейшим на тот момент по размеру отступных среди публичных персон.

21 июля 2006 года суд штата Иллинойс постановил, что Джордан не обязан выплачивать компенсацию 5 миллионов долларов бывшей тайной любовнице Карле Кнафел. Джордан заплатил Кнафел 250 тыс. долларов за сохранение их отношений в тайне. Кнафел утверждала, что Джордан обещал ей 5 миллионов долларов за молчание и согласие не подавать на отцовство после того, как Кнафел узнала, что она беременна в 1991 году. Анализ ДНК показал, что Джордан не является отцом ребенка.

С 2007 года Джордан живёт в Хайленд-Парке, штат Иллинойс, оба его сына учились в академии Лойола, частной римско-католической школе, расположенной в Вилметте, штат Иллинойс. Джеффри окончил школу в 2007 году и сыграл свою первую игру за Университет Иллинойса 11 ноября 2007 года. После двух сезонов Джеффри покинул команду Иллинойса по баскетболу в 2009 году, но позже вновь присоединился к ней. Маркус перевёлся в среднюю школу Уитни Янг после второго курса и окончил её в 2009 году. Его школьная команда «Чикаго Уитни Янг» стала чемпионом штата Иллинойс. В финальной игре против «Уокиган», Маркус был признан самым результативным игроком матча — за игру он набрал 19 очков, а также реализовал 4 из 4 штрафных бросков в последние 3 минуты встречи. Посещает университет Центральной Флориды с осени 2009 года.

В 2008 году Майкл начал встречаться с моделью Иветт Прието.

В декабре 2011 года Майкл сделал Иветт предложение, а 27 апреля 2013 года пара поженилась.

30 ноября 2013 года Майкл и Иветт объявили о том, что ждут ребенка.

11 февраль 2014 года у пары родились девочки-близнецы Виктория и Изабель.