Джон Фавро родился 19 октября 1966 года в нью-йоркском районе Куинс, став единственным ребёнком в интеллигентной семье учителей. От отца Джон унаследовал франко-итальянские корни, от матери — еврейские. Когда мальчику было 12 лет, его мать Мадлен умерла от лейкемии, но Джон, тем не менее, сохранил открытый и весёлый характер. После окончания в 1984 году престижной школы в Бронксе, он поступил в Квинс-колледж, но до конца не доучился. В 1988-м, не сдав несколько экзаменов, Фавро решает посвятить себя карьере комедийного актёра и переезжает в Чикаго, где начинает играть на сценах различных театров, а позже становится членом импровизационной труппы «ImrovOlympic». В начале 1990-х он переезжает в Лос-Анджелес, где получает первую, эпизодическую роль водителя такси в комедии «Предки» (1992). Более крупную роль Фавро сыграл в довольно успешной спортивной драме «Руди» (1993), на съемочной площадке которой познакомился с будущими своим близким другом, актёром Винсом Воном.

Вскоре Фавро становится узнаваемым персонажем, сыграв роль клоуна Эрика в классическом комедийном телесериале «Сайнфилд» (1990–1998). После этой и еще нескольких ролей в кино и на ТВ, в частности, в блокбастере «Бэтмен навсегда» (1995), Джон решает сам написать сценарий фильма, который должен стать для него «прорывным». В итоге появляется комедия Дага Лаймана «Тусовщики», где Фавро сам исполнил главную роль и к тому же выступил в качестве сопродюсера. Досталась крупная роль и Винсу Вону. Фильм получает хорошую кассу и отзывы, а Фавро начинает задумываться о режиссуре. Первыми пробами сил в новом качестве становятся телевизионные постановки «Bad Cop, Bad Cop» (1998) и «Smog» (1999), после чего Джон ставит по своему сценарию первый «настоящий» фильм – комедийный детектив «Всё схвачено» (2001), где вновь играет в паре с Винсом Воном. Картина, впрочем, не имееет заметного успеха.

При этом Фавро с переменным успехом снимается у других режиссёров, из наиболее заметных его работ того периода надо отметить роли в драме «Догтаун» (1997), комедийном триллере «Очень дикие штучки» (1998), фантастическом триллере «Столкновение с бездной (1998), мелодраме «Любовь и секс» (2000), спортивной комедии «Дублёры» (2000). С 2000 года Джон Фавро женат на Джое Телим, у них трое детей.

Второй режиссёрской работой Фавро становится очень успешная семейная комедия «Эльф» (2003), собравшая в мировом прокате более 220-ти млн долларов при бюджете в 33 млн. Увлекшись фильмами для детей, Фавро вскоре снимает приключенческую ленту «Затура: Космическое приключение» (2005), но её в прокате ожидает провал: 65-ти миллионный бюджет даже не окупается. Поэтому режиссёр круто меняет направление работы и берётся за экранизацию комикса «Железный человек». И вот тут результат превосходит все ожидания: одноимённый фантастический боевик, вышедший в 2008 году, становится хитом, собрав в прокате свыше 580-ти млн долларов. Продолжение не заставило себя ждать и тоже оказалось сверхуспешным: «Железный человек 2» (2010) принёс создателям 621 млн долларов. А если учесть, что Фавро ещё и продюсировал обе ленты, то его профессиональная состоятельность уже ни у кого не вызовет сомнений.

В 2009 году, за год до выхода второго «Железного человека», Джон получил одну из главных ролей в комедии «Формулы любви для узников брака». В то же время Джон приступил к съемке фантастического боевика «Ковбои против пришельцев», выход которого состоялся в середине 2011 года.

В 2013 году Джон Фавро появился в главных ролях в картинах «Волк с Уолл-стрит» и «Железный человек 3», а в 2014 году исполнил главную роль в своей очередной режиссерской работе «Повар на колёсах».

В том же 2014 году он приступил к съемкам фэнтези «Книга джунглей» (2015), о мальчике-сироте, который был выращен в джунглях стаей волков, медведем и черной пантерой.