Родился в рабочей семье (папа — шофер грузовиков, мама работала в баре).

В позднеподростковом возрасте немало пил.

Окончил римско-католическую общеобразовательную школу и техникум.

В 1975 году был приглашён в качестве певца в группу Sex Pistols; как раз тогда им был взят псевдоним «Джонни Роттен» («Гнилой»).

В 1978 году он выходит из состава Sex Pistols, основывает свой личный ансамбль Public Image Ltd и с тех пор выступает под своим настоящим именем.

Лайдон оставался единственным неизменным участником всегда меняющегося состава PiL. Группа немало гастролировала; в 1988 году прошёл концерт в Советском Союзе (Таллин).

В 1992 году Лайдон распускает Public Image Ltd и сокращает музыкальное дело.

В 1997 году выходит его один на в эти дни сольный альбом «Psycho's Path», записанный в стиле техно. Тогда же Лайдон оказался втянутым в судебное разбирательство, ход по которому снимался для американского телешоу. Эпизодически Лайдон участвует в записях чужих коллективов и проектов (Leftfield) и даёт концерты с бывшими музыкантами Sex Pistols (по собственному признанию музыканта — только для того, чтобы достать денег).

В 1994 году вышла его книжка воспоминаний («Роттен: Вход ирландцам, чёрным и собакам воспрещён»).

В январе 2004 года Лайдон участвовал в съёмках телепередачи «I'm a Celebrity Get Me Out Of Here!», проводившихся на необитаемом тропическом острове, где его спутницами были полуобнажённые женщины-модели. Несмотря на то, что Лайдон броско сморщинился, он остаётся верен духу панка, продолжая быть непримиримым борцом с лицемерным режимом Великобритании, убеждённым противником паразитических классов. При этом музыкант развёл предпринимательскую деятельность: у Лайдона свой кабельный телеканал, риэлторский коммерциал.

В сентябре 2009 было объявлено о воссоединении Public Image Limited для проведения британского турне, первого за 17 лет, причём Лайдон сам финансировал это мероприятие, использовав все деньги, полученные от рекламы масла Country Life.

В апреле 2010 года PiL вышли в обширное американское турне и выступили хедлайнерами на фестивале Coachella.

Летом 2011 года, группа записала новый альбом в студии Винкрафт, в Коствуде, Англия и выступила на фестивале Сотворение Мира в городе Казань.

30 ноября 2011, группа зарегистрировала собственный лейбл PIL Official Limited, как частная компания с ограниченной ответственностью в Великобритании. 21 апреля 2012 года, вышел новый сингл "One Drop", а 28 мая группа выпустила первый официальный студийный альбом "This Is PiL".

В последнее время Лайдон живёт на своей роскошной вилле в Калифорнии. Также ведутся переговоры о съёмках художественно-биографического фильма по автобиографии Лайдона 1994 года.