Родилась 24 ноября 1938 года в Москве в актёрской семье.

Мать - актриса московского Театра имени А.С. Пушкина Мария Зотовна Фонина.

В детстве Наталья была очень шаловливым ребенком. Семья всегда жила при театре, поэтому девочка не мыслила жизни вне актёрской профессии. Сдавая экзамены в историко-архивный институт, одновременно решилась поступать и во ВГИК, в мастерскую Владимира Белокурова. Начала учиться на первом курсе, но попала под машину и серьёзно повредила зрение, врачи запретили ей продолжать учебу.

В 1961-1967 гг. - лаборанткой в институте металлургии СССР,

в 1967-1970 гг. - работала на кафедре геологии МГУ.

С 1974 года - актриса Ивановской областной филармонии,

с 1975-1977 гг. - актриса Москонцерта.

Наталья постоянно бегала на «Мосфильм», сниматься сначала в массовках, затем в небольших ролях.

В массовке ее заметил Григорий Александров и пригласил в фильм "Русский сувенир". На съёмках Любовь Орлова дала совет "не пытайтесь себя переделать".

В 1962 году на фильме "Половодье" (эпизод) познакомилась с будущим мужем - звукооператором Владимиром Крачковским, который был на 15 лет старше её. После съёмок сыграли свадьбу. В 1963 году родился сын Василий.

Одна из первых заметных ролей - Верунька в фильме Владимира Басова "Битва в пути".

Благодаря мужу произошло знакомство Натальи Леонидовны с Леонидом Гайдаем, который пригласил непрофессиональную актрису сыграть мадам Грицацуеву в "Двенадцати стульях". Эта роль стала началом славы Натальи Крачковской как яркой комедийной и острохарактерной актрисы.

Крачковская продолжала сниматься во многих гайдаевских комедиях и в дальнейшем ("Иван Васильевич меняет профессию", "Не может быть!", "Частный детектив или Операция "Кооперация" и др.)

80-е годы - самые счастливые в карьере - гастроли, съёмки. После неожиданной смерти мужа в июле 1988 года актриса впала в депрессию, стала затворницей на 2 года. Спас её Михаил Кокшенов, уговорил сняться в "Аферистах".

90-е годы, когда кинематограф переживал тяжелое время, стали для Н.Л. Крачковской периодом плодотворной актёрской работы.

Заслуженная артистка России (1998).

Сын Василий Крачковский - тоже, как и отец, звукооператор.

В декабре 2001 года в Москве была создана АНО «Школа актёрского мастерства Натальи Крачковской» во главе с Крачковской. Организация рекламировала свои услуги по обучению детей актёрскому мастерству.

В 2003 году произошёл скандал — в «Комсомольской правде» появилась публикация, где школу обвиняли в недобросовестной рекламе и намеренном обмане с целью выкачивания денег из родителей учеников. Тогда Наталья Крачковская категорически отвергала любые обвинения. Позже она говорила, что не имела к «школе» почти никакого отношения и сама стала жертвой обмана.

Сейчас Наталья Крачковская находится в тяжёлом состоянии и живёт одна. Кроме врачей в её квартиру никто не ходит, и даже собственный сын не навещает родную мать.