Михаил Мукасей родился в Москве в 1966 году в семье кинематографистов — Светланы Дружининой и Анатолия Мукасея.

Внук легендарных советских разведчиков — Михаила Мукасея и Елизаветы Мукасей.

В 1983 году поступил во ВГИК на операторский факультет.

В 1986—1987 годах — бас-гитарист рок-группы «Оберманекен», принимал участие в записи альбома группы «Прикосновение нервного меха», который был включён в книгу Александра Кушнира «100 магнитоальбомов советского рока».

На нынешний момент — российский продюсер и оператор, работающий преимущественно в игровом кинематографе. Принимал участие в съемках более чем 500 рекламных роликов и музыкальных клипов.

17 августа 2012 года женился на Екатерине Гамовой, волейболистке сборной России.