О личной жизни актрисы известно немного: она всегда старалась оберегать эту сферу от журналистов. У Джоди два сына: Чарльз (20 июля 1998 года) и Кристофер (29 сентября 2001 года).

Сама актриса еще в 1998-м говорила в интервью, что у ребенка нет отца, положив начало слухам об искусственном зачатии мальчика.

В декабре 2007 года Фостер объявила о своей нетрадиционной ориентации и сообщила, что уже 14 лет живет с партнершей-лесбиянкой — продюсером Сидни Бернард.

Вскоре после этого пара распалась, а новой возлюбленной Джоди стала 51-летняя сценарист и продюсер Синди Морт.

13 января 2013 года Джоди официально совершила каминг аут на вручении премии «Золотой глобус», заявив о своих отношениях с актрисой Александрой Хедисон.

В конце апреля 2014 года Джоди Фостер сочеталась браком с Александрой Хедисон. Где прошла сама церемония, пока не известно.