Роль Маргариты принесла актрисе ещё большую известность. По окончании съёмок сериала «Мастера и Маргариты» в июне 2005 года было объявлено о расторжении брака Анны Ковальчук с Анатолием Ильченко. Слова Анны были подтверждены бывшим мужем Анатолием, который также снимается в кино. От Анатолия у Анны есть дочь Злата.

Вскоре Анна стала встречаться с бизнесменом Олегом Капустиным. После двух лет отношений они поженились 1 декабря 2007 года в Санкт-Петербурге, в качестве свадебного подарка Олег преподнёс Анне породистого скакуна. 30 апреля 2010 у Анны и Олега родился сын Добрыня.