В 2006 году распался его 13-летний брак с моделью Николь Митчел. У пары - пятеро детей. После этого у Мерфи случился недолгий роман с солисткой Spice Girls Мелани Браун. Певица родила от него дочь Энджел Айрис Мерфи. Эдди отказывался признавать ребенка, но в июне 2007-го результат теста ДНК подтвердил отцовство актера. Мерфи не общается ни с Браун, ни с дочерью.

После этого скандала последовал другой: актриса Мишель Уильямс обвинила Мерфи в сексуальных домогательствах.

В 2008 году Мерфи снова женился на Трейси Эдмондс, кинопродюсере. Брак распался через… две недели!