С 1 августа 2009 Эли Лартер замужем за актером Хэйзом Макартуром, с которым до этого встречалась три года.

В июле 2010 года стало известно, что пара ждет ребенка.

10 декабря 2010 года у Эли и Хэйза родился сын Теодор Хэйз Макартур.

8 августа 2014 года на шоу Джимми Фэллона The Tonight Show Эли сообщила, что беременна вторым ребенком.

15 января 2015 года Эли родила дочь Вивьенн Маргарет.