В 1984 году он поступил в Тбилисское хореографическое училище, а с 1987 года продолжил свое обучение в Московском академическом хореографическом училище по классу профессора П. А. Пестова. В сценической практике училища исполнял все классические Pas de deux, среди которых pas de deux из балета «Фестиваль цветов в Джензано» А. Бурнонвиля и «Классическое па-де-де» В. Гзовского.

По окончании Московской академии хореографии в 1992 году, по приглашению Ю. Н. Григоровича, Н. Цискаридзе был сразу принят в труппу Большого театра, где исполнял сольные партии, среди которых Французская кукла в «Щелкунчике», Конферансье в «Золотом веке», Юношу в «Шопениане», Голубая птица в «Спящей красавице». Вскоре ему стали поручать ведущие партии во всех основных спектаклях классического репертуара: в «Лебедином озере», «Щелкунчике» и «Спящей красавице», в «Раймонде» и «Баядерке», в «Сильфиде» и «Жизели», а также в современных балетах: «Любовью за любовь», «Паганини», «Симфония до мажор». Ролан Пети специально на Цискаридзе создал роль Германна в «Пиковой даме», поставленной на сцене ГАБТ. Затем Николай Цискаридзе занял положение премьера.

Одновременно он продолжал свое образование в Московском государственном хореографическом институте, который окончил в 1996 году.

Он начинал готовить свои первые роли с Г. С. Улановой и Н. Р. Симачёвым, а далее занимался с М. Т. Семёновой и Н. Б. Фадеечевым.

Кроме того, в репертуаре Цискаридзе есть небольшие одноактные балеты и танцевальные номера, которые он с успехом исполняет как на сцене театра, так и в концертах и на гастролях: «Видение Розы» в постановке М. Фокина, «Нарцисс» в постановке К. Голейзовского, «Кармен. Соло» в постановке Р. Пети, «Падший ангел», поставленный специально для него Борисом Эйфманом.

Н. Цискаридзе был участником первых трёх программ танцевального проекта «Короли танца»(Kings of the Dance, 2006—2009). Много гастролирует по всему миру, имеет многочисленные звания и награды. Живёт и работает в Москве.

Участвует в телевизионном шоу «Танцы со звёздами» на телеканале «Россия» в качестве постоянного члена жюри танцевального конкурса. Является постоянным ведущим программы «Шедевры мирового музыкального театра» на телеканале «Культура».

Занимается педагогической деятельностью в МГАХ и в Большом театре, где постоянно ведёт хореографический класс.

В марте 2011 года участвовал в съёмках и дал интервью Владимиру Познеру в программе «Познер» на Первом канале. В ней он рассказал о нелёгком детстве и начале успешной карьеры, о том как получил прописку в Москве, буквально за несколько недель до распада СССР. Николай Цискаридзе выразил серьезные опасения по поводу того, сохранит ли Россия это лидерство.

«Мы хотим убить это, наше общество, потому что Министерство образования сейчас выпускает очень страшные законы, что все музыкальные, театральные, хореографические заведения должны принимать детей бесконкурсно с 15 лет, — пояснил он. — И объяснить невозможно, что руку пианисту надо ставить с пяти лет, что ноги надо в балете ставить желательно с 9-10 лет»

По словам солиста балета: «Все деятели искусства, включая его самого, уже написали письмо Президенту, премьер-министру, но эти обращения пока игнорируют». Это происходит потому, что люди, которые пишут законы, когда их дети учатся за границей, гипотетически свое будущее не связывают с этой страной, им все равно, как будут учиться остальные дети, — предположил Николай Цискаридзе. — Я уверен, что если бы у нас был закон, согласно которому дети тех, кто принимает и разрабатывает законодательные проекты, обязательно служили бы в армии и учились в нашей стране, эта система потихоньку бы усовершенствовалась".