С 2002 у Бейонс Ноулз были отношения с рэпером Jay-Z, с которым она сотрудничала несколько раз. Слухи начали крутиться вокруг них после того, как Ноулз спела дуэтом с Jay-Z «'03 Bonnie & Clyde».

Несмотря на настойчивые слухи об их отношениях, они никак на них не реагировали. В 2005 слухи начали распространяться о свадьбе пары. Ноулз заявила, что она и Jay-Z даже не помолвлены. Лора Шреффлер, главный журналист журнала OK! сказала: «Они крайне конфиденциальные люди».

4 апреля 2008 Ноулз и Jay-Z поженились в Нью-Йорке. Это стало достоянием общественности 22 апреля 2008. Ноулз публично не носила свое обручальное кольцо до концерта на Fashion Rocks 5 сентября 2008 в Нью-Йорке. Ноулз окончательно призналась о своей свадьбе через открытый киномонтаж на вечеринке для I Am… Sasha Fierce в манхэттенском Sony Club.

29 августа 2011 года на церемонии MTV Video Music Awards Бейонсе заявила о своей беременности. 7 января 2012 года в Нью-Йорке певица (в целях конспирации зарегистрировалась в клинике под именем Ингрид Джексон) родила дочку Айви Блю Картер.

В конце апреля 2013 года появились слухи о том, что Беонсе и Jay-Z ждут второго ребенка.