До 2011 года Кирстен Данст не могла похвастаться длительными отношениями, но список ее парней был достаточно серьезный.

Среди ее бойфрендов был Джейк Хоффман (сын Дастина Хоффмана), с которым она встречалась в 1998 году, актер Бен Фостер (2000-2001), актер Джейк Джилленхол (2002-2004), барабанщик Фабрицио Моретти (2007), актер Джастин Лонг (2008), бизнесмен Джейкоб Соборов (2008-2009) и барабанщик Джейсон Боузел (2010-2011).

В 2011 году Кирстен начала встречаться с актером Гарретом Хедлундом.

В августе 2015 года стало известно, что Кирстен и Гаррет помолвились.

Кирстен любит животных и дома у нее живут две кошки и собака.