С 10 мая 2010 года Мэнни Пакьяо женат на Джинки Пакьяо, с 2013 года является вице-губернатором флиппинской провинции Сарангани. Вместе пара воспитывает 5 детей: три сына - Эммануэля Дапидрана, Майкла Стивена и Изрэйля, и две дочери - Мэри Дивайн Грэйс и Куинн Элизабет.