Эммануэль Дапидеран Пакьяо родился 17 декабря 1978 года в филиппинском городке Кибаве, в семье Розалио и Дионесии Пакьяо.

Будучи подростком Пакьяо оставил свою семью и перебрался в Манилу, в надежде обучится боксу и начать спортивную карьеру.

В январе 1995 года, в возрасте 16 лет, Мэнни Пакьяо дебютировал на профессиональном ринге в наилегчайшей весовой категории. Свой первый бой он провел против Эдмунда Игнасио, победив его по очкам в 4-раундовом поединке.

За первый год своей карьеры Пакьяо провел 11 успешных поединков, четыре из которых он завершил досрочно, и плавно поднялся на две весовые категории.

9 февраля 1996 года Пакьяо получил первое поражение в карьере, проиграв нокаутом в 3 раунде соотечественнику Рустико Торрекампо.

Затем последовала беспроигрышная серия Мэнни Пакьяо из 12 поединков, за время которой он стал обладателем и провел одну защиту титула OPBF в наилегчайшем весе.

4 декабря 1998 года Мэнни Пакьяо стал обладателем титула чемпиона мира в наилегчайшем весе по версии WBC, победив нокаутом в 8 раунде таиландца Чатчая Сасакула.

24 апреля 1999 года Пакьяо успешно провел первую защиту чемпионского титула, нокаутировав в 4 раунде мексиканского боксера Габриэля Миру.

17 сентября 1999 года Мэнни встретился с таиландским боксером Медгоеном Сингсуратом, в поединке с которым должен был проводить вторую защиту титула WBC, однако Пакьяо не смог уложиться в рамки своей весовой категории, и был лишен титула еще до проведения поединка. В бою против Медгоена Сингсурата Пакьяо второй раз в карьере побывал в нокауте, таиландец в 3 раунде правым кроссом в район селезенки отправил Мэнни на настил ринга.

18 декабря 1999 года Мэнни вышел на ринг против соотечественника Рейнанте Джамили, поединок с котором был за вакантный титул WBC International во 2-м наилегчайшем весе. Во втором раунде поединка Пакьяо нокаутировал своего оппонента.

После пяти успешных защит титула WBC International, каждую из которых он завершил нокаутом, Пакьяо получил возможность провести поединок за титул чемпиона мира во 2-м наилегчайшем весе по версии IBF против южно африканского боксера Лехлохонло Ледвабой. Бой состоялся 23 июня 2001 года в Лас-Вегасе в андеркарте боя Оскара Де Ла Хойи и Хавьера Кастильехо. Победа досталась Мэнни Пакьяо, который в 6 раунде отправил Ледвабу в нокаут.

10 ноября 2001 года состоялся объединительный поединок во 2-м наилегчайшем весе между чемпионом мира по версии IBF Мэнни Пакьяо и чемпионом по версии WBO Агапито Санчесом. Поединок был прекращен рефери в 6 раунде из-за глубокого рассечения под левым глазом у Пакьяо, однако определяли победителя судьи, их решением была объявлена ничья и каждый из боксеров остался при своем титуле.

Проведя три успешных защиты своего чемпионского титула по версии IBF, Мэнни Пакьяо принял решение перейти в полулёгкий вес.

15 ноября 2003 года состоялся его первый поединок в этом весе против мексиканца Марко Антонио Барреры. Победа техническим нокаутом в 11 раунде досталась Пакьяо, которому достался титул чемпиона мира в полулёгком весе по версии авторитетного журнала The Ring.

8 мая 2004 года Мэнни Пакьяо вышел на ринг против чемпиона мира в полулёгком весе по версиям WBA и IBF Хуана Мануэля Маркеса. Напряженный поединок продлился все 12 раундов, однако победителя не определил, решением судей была объявлена ничья.

В декабре того же 2004 года Пакьяо успешно провел защиту чемпиона мира по версии журнала The Ring в поединке против таиландца Наронгрита Пиранга. Мэнни в четвертом раунде отправил своего оппонента в нокаут.

19 марта 2005 года состоялся бой за вакантные титулы WBC International и IBA во втором полулегком весе между филиппинцем Мэнни Пакьяо и мексиканцем Эриком Моралесом. Бой проходил все 12 раундов. Судейским решением победа досталась Моралесу.

10 сентября 2005 года Пакьяо в поединке против мексиканца Эктора Веласкеса завоевал вакантный титул WBC International во втором полулегком весе, отправив своего противника в 6 раунде на настил ринга.

21 января 2006 года Пакьяо успешно провел матч-реванш против Эрика Моралеса, победив мексиканца в техническим нокаутом в 10 раунде.

Затем Мэнни успешно провел четыре защиты своего титула WBC International во втором полулегком весе.

15 марта 2008 года Мэнни Пакьяо провел второй поединок против Хуана Мануэля Маркеса за титул чемпиона мира по версии WBC, а также за вакантный титул чемпиона мира по версии журнала The Ring во втором полулегком весе. По итогам 12-раундового поединка разногласным решением судей победа досталась Пакьяо.

28 июня того же года Пакьяо встретился с чемпионом мира в легком весе по версии WBC Дэвидом Диасом, которого в 9 раунде отправил в нокаут.

6 декабря 2008 года Мэнни Пакьяо, перепрыгнув одну весовую категорию, вышел на поединок против американца Оскара Де Ла Хойи, бой с которым проводил в полусреднем весе. Де Ла Хойя был фаворитом боя, однако несмотря на прогнозы Пакьяо одолел своего оппонента, в 9 раунде секунданты Де Ла Хойи отказались выпускать своего боксера на ринг.

2 мая 2009 года Пакьяо провел бой в первом полусреднем весе против чемпиона мира по версии IBO британского боксера Рикки Хаттона. Во втором раунде чемпионского поединка Мэнни отправил британца в тяжелый нокаут, названый в итоге лучшим нокаутом 2009 года. После этого поединка филиппинский боксер вернулся в полусредний вес.

14 ноября 2009 года Мэнни техническим нокаутом в 12 раунде победил чемпиона мира в полусреднем весе по версии WBO Мигеля Котто.

Затем успешно проведя защиту этого титула в поединке против Джошуа Клотти, Мэнни вышел на бой против мексиканца Антонио Маргарито за вакантный титул чемпиона мира в первом среднем весе по версии WBC. Единогласным решением судей победа в бою досталась Пакьяо.

В мае и декабре 2011 года Пакьяо успешно провел две защиты своего титула чемпиона мира в полусреднем весе по версии WBO против Шейна Мосли и Хуана Мануэля Маркеса, соответственно.

9 июня 2012 года Мэнни в напряженном и равном 12-раундовом бою против американца Тимоти Бредли потерял свой чемпионский титул в полусреднем весе.

8 декабря 2012 года Мэнни Пакьяо в четвертый раз вышел на ринг против Хуана Мануэля Маркеса. На этот раз победа досталась мексиканцу, в 6 раунде Маркес сильнейшим встречным ударом отправил Пакьяо в тяжелый нокаут. Данный бой журналом «Ринг» получил звания: бой года, нокаут года, событие года и раунд года.

24 ноября 2013 года Пакьяо вышел на ринг против американца Брендона Риоса, в поединке за вакантный титул WBO International в полусреднем весе. Несмотря на почти годичный перерыв без боев победа единогласным решением судей досталась филиппинскому боксеру.

12 апреля 2014 года Мэнни успешно провел матч-реванш против Тимоти Бредли, возвратив себе титул чемпиона мира по версии WBO.

23 ноября того же года Пакьяо в поединке против Криса Алгиери успешно провел защиту своего чемпионского титула, победив американца по очкам.

В начале 2015 года стало известно, что следующим соперником Мэнни Пакьяо станет непобежденный американский боксер, чемпион мира в полусреднем весе по версиям WBC и WBA Флойд Мэйвезер. Поединок, названный самым ожидаемым поединком в истории бокса, состоялся 2 мая 2015 года и проходил на равных все 12 раундов. Победа по очкам единогласным решением судей досталась Флойду Мэйвезеру.

Вне боксерского ринга Мэнни Пакьяо снимается к кино, на его счету несколько главных и множество эпизодических ролей, играет в баскетбол за профессиональную команду «Kia Sorento», в которой также является тренером, поет песни, а также с 2007 года ведет активную политическую деятельность.