В 2008 году в семье популярного актера произошла трагедия, от рака головного мозга скончалась его супруга Анастасия, с которой Хабенский прожил в браке с 2000 года. У Константина остался сын Иван (2007 года рождения).

В сентябре 2013 года стало известно, что Константин Хабенский женился во второй раз. Его избранницей стала актриса и его коллега по МХТ Ольга Литвинова.