9 июня 1997 года Джудд Апатоу женился на актрисе Лесли Манн, в Лос-Анджелесе.

Пара познакомилась в 1996 году на съемочной площадке кинокомедии «Кабельщик». У пары есть две дочери Мод (родилась в 1998 году) и Айрис (родилась в 2002 году). Обе девушки снимаются в кино. Мод Апатоу была номинирован на 34-ю премию «Молодой актер».