С 1966 по 1990 год Патрик Стюарт был женат на Шейле Фалконер, в браке с которой у него родилось двое детей – сын Даниэль и дочь София. Даниэль, как и отец, является актером, и даже снимался вместе с Патриком в телефильме «Поезд смерти» (1992).

В 2000 году Стюарт женился на продюсере Венди Нойс, с которой познакомился в 1997 году. Спустя три года, после женитьбы пара рассталась.

В 2008 году Патрик Стюарт начал встречаться с певицей Санни Озелл.

В марте 2013 года стало известно, что пара обручилась, а в сентябре 2013 года Патрик и Санни сыграли свадьбу.