Гекхан Инлер родился 9 сентября 1984 года в швейцарском городе Ольтен.

Инлер занимался футболом в академии одного из самых титулованных швейцарских клубов «Базеля», за молодежный состав которого выступал с 2002 по 2004 год.

В 2004 году Гекхан подписал предварительный контракт с турецким «Фенербахче», но сделка сорвалась, и вместо этого полузащитник присоединился к швейцарскому клубу «Арау». В составе «черно-бело-красных» Инлер сыграл в 25 матчах и зарекомендовал себя как надежного игрока.

В январе 2006 года Гекхан Инлер подписал контракт с ФК «Цюрих» с одноименного швейцарского города. В составе клуба Инлер провел 52 матча и отличился 3 забитыми голами. Вместе с клубом он дважды становился чемпионом Швейцарии (2005-2006, 2006-2007), а также в 2006 году стал обладателем Кубка часов.

В том же 2006 году Гекхана впервые вызвали в состав национальной сборной. Дебютным для него стал товарищеский матч против Венесуэлы, в котором швейцарцы победили со счетом 1:0.

Летом 2007 года Гекхан Инлер подписал контракт итальянским клубом «Удинезе».

В начале лета 2008 года в составе сборной Швейцарии участвовал в Чемпионате Европы, где сыграл в основном составе во всех матчах группового этапа, после которого его сборная покинула турнир.

После Евро-2008 появились слухи, что Инлера перешел в лондонский «Арсенал», но футболист опроверг их, подписав новый контракт с «Удинезе», рассчитанный на 5 лет.

В сезоне 2008/2009 Гекхан провел в составе «черно-белых» 49 матчей, в которых забил 3 гола. В этом сезоне «Удинезе» занял 7 место в «Серии А», а также дошел до четвертьфинала Кубка УЕФА.

Следующий сезон стал для Инлера и «Удинезе» провальным. Клуб финишировал в «Серии А» на 15 месте, не смотря на то, что основной форвард «черно-белых» Антони Ди Натале стал лучшим бомбардиром чемпионата Италии (29 голов).

Летом 2010 года Гекхан в составе сборной Швейцарии принимал участие в Чемпионате мира 2010 года, где в первом матче против сборной Испании, которую швейцарцы обыграли со счетом 1:0, он был капитаном. Гекхан сыграл в трех матчах ЧМ-2010, после чего его сборная прекратила участие в турнире.

В сезоне 2010/2011 Инлер в составе «Удинезе» занял четвертое место в «Серии А», что позволило клубу принять участие в квалификационном раунде Лиги чемпионов, в котором итальянцы проиграли лондонскому «Арсеналу». По окончанию сезона стало известно, что Гекхан Инлер покинет расположение «Удинезе» и перейдет в «Наполи».

11 июля 2011 года на презентации новой формы «Наполи», Инлер лично подтвердил свой переход в неаполитанский клуб.

Дебют Гекхана в новом клубе состоялся 10 сентября 2011 года в матче «Серии А» против «Чезены», который «Наполи» выиграл со счетом 3:1.

7 декабря 2011 года Гекхан забил свой первый мяч за клуб, в матче розыгрыша Лиги чемпионов против «Вильярреала», в котором «Наполи» победил со счетом 2:0 и завоевал себе место в 1/8 турнира.

14 марта 2012 года Инлер забил мяч в ответном матче 1/8 Лиги чемпионов против «Челси», который окончился со счетом 4:1 в пользу лондонцев, что позволило пройти им дальше, а «Наполи» вылетел из турнира.

В мае 2012 года Гекхан Инлер выиграл свой первый Кубок Италии, в финале которого его «Наполи» победил «Ювентус» со счетом 2-0. В чемпионате Италии же клуб занял лишь пятое место.

В сезоне 2012/2013 «Наполи» занял второе место в «Серии А». Гекхан провел в составе клуба 39 матчей, в которых отличился 6 забитыми голами.

Сезон 2013/2014 Гекхан в составе «Наполи» второй раз стал обладателем Кубка Италии, а в чемпионате клуб занял третье место, уступив «Ювентусу» и «Роме». Всего за сезон Инлер сыграл в 42 матчах и забил за клуб 4 гола.

В июне 2014 года в составе сборной Швейцарии отправился на Чемпионат мира 2014.