Хуан Себастьян Верон родился 9 марта 1975 года в аргентинском городе Ла-Плата, в семье известного футболиста Хуана Рамона Верона.

С юных лет Верон начал заниматься в футбольной школе клуба «Эстудиантес», с которым в 1994 году подписал профессиональный контракт.

Спустя два года он перешел столичный клуб «Бока Хуниорс», где провел 17 матчей бок о бок с легендой футбола Марадоной.

В том же 1996 году Верон дебютировал за национальную сборную на международном уровне, в матче Аргентина – Польша.

Получив в 1996 году первую возможность продолжить карьеру в Европе, Верон долго не думая воспользовался ею. Итальянская «Сампдория» подписала аргентинского футболиста вместо Кларенса Зеедорфа, уходящего в «Реал». Но именно с Вероном команда смогла выйти в еврокубки, а сам футболист сумел раскрыть свои таланты в полной мере.

В 1998 году, после выступления с Аргентиной на Чемпионате мира, Верон перешел в «Парму», которая заплатила за него 20 миллионов долларов. С «крестоносцами» Верон выиграл кубок УЕФА и кубок Италии, а также помог занять им 4 место в «Серии А». Но по окончанию сезона стало известно о переходе Хуана Себастьяна в римский «Лацио», который выплатил за футболиста 28 миллионов долларов.

За два года выступления с «орлятами» Верон стал чемпионом Италии, обладателем кубка и суперкубка Италии, а также победителем последнего розыгрыша Кубка обладателей кубков УЕФА и Суперкубка УЕФА.

В 2001 году Хуан Себастьян Верон перешел в «Манчестер Юнайтед», который заплатил за него 43 миллиона долларов. С «красными дьяволами» у Верона не заладилось и спустя два года невыразительной игры «МЮ» продал Хуана Себастьяна лондонскому «Челси» за 26 миллионов фунтов стерлингов.

Но и в «Челси» Верон не смог показать свое игры. После несколько удачно сыгранных матчей, Верон травмировался и до конца сезона 2003/2004 на поле почти не выходил.

В 2004 году пост главного тренера лондонского «Челси» занял Жозе Моуринью, которому не удалось найти общий язык с Вероном и футболиста отдали в аренду миланскому «Интеру».

За два года в расположении «Интернационале» Верон сумел вернуть прежнюю форму и стал одним из лидеров клуба.

В 2006 году Верона взял в аренду на год его родной клуб «Эстудиантес», в котором он начал играть еще лучше, чем в Европе. По истечению срока аренды «Эстудиантес» выкупили Хуана Себастьяна у «Челси».

В 2009 году его родной клуб завоевал Кубок Либертадорес, а сам футболист был признан лучшим игроком Южной Америки.

В 2010 году Диего Марадона включил Верона в состав сборной Аргентины на чемпионат мира, что стал третьим в карьере футболиста.

Летом 2012 года Верон решил завершить карьеру игрока и стал спортивным директором «Эстудиантес».

В июле 2013 года Хуан Себастьян возобновил карьеру игрока в том же «Эстудиантес», но в мае 2014 года завершил свои выступления на профессиональном уровне.