Филипп часто говорил, что идеал женщины для него - это его мама. Появлялись слухи о его "симпатиях" к разным певицам - Азизе, Маше Распутиной, Любе Успенской.

В 1994 году Киркоров сделал предложение Алле Пугачевой. 15 марта их брак был зарегистрирован в Петербурге мэром города Анатолием Собчаком, а 15 мая в Иерусалиме Филипп Киркоров и Алла Пугачева обвенчались. Брак, в искренность которого долго не верили, просуществовал более 10 лет.

Однако в одном из интервью Примадонна заявила, что они перестали жить вместе уже спустя год. Филипп долго не мог смирится с этим и всячески пытался вернуть Аллу Борисовну. Он даже позволил себе роман с молодой Анастасией Стоцкой, которая была утверждена на главную роль мюзикла "Чикаго". Однако попытки вызвать ревность Пугачевой не увенчались успехом.

Чтобы избежать слухов и сплетен о разводе пары было объявлено в шоу Лолиты Милявской "Без комплексов".

После расставания с Примадонной Киркоров объявил, что больше никогда не женится.

26 ноября 2011 года в прямом эфире программы «Что? Где? Когда?» ведущий сообщил, что у Киркорова, который выступал музыкальным номером, в 20.00 родилась дочь. Дочь получила имя в честь матери Киркорова, Виктория. В интервью программе «Пусть говорят» 30 ноября 2011 года Филипп Киркоров рассказал, что дочь зовут в честь его матери Виктории и в честь Аллы Пугачёвой — Алла-Виктория Филипповна Киркорова. Вес Аллы-Виктории — 4 кг, рост 51 см.

В конце июня 2012 г. на концерте в Софии, Болгария, Филипп Киркоров объявил о рождении сына. Мальчика назвали Мартин (р. 29 июня 2012).

Оба ребенка певца родились от суррогатных матерей.