Энди Вачовски родился 29 декабря 1967 года в г. Чикаго, США.

Получил образование в высшей школе Уитни Янг для одаренных детей, там он изучал искусство, в том числе театр и кино. После окончания средней школы, он обучался в Emerson College в Бостоне, но бросил.

Энди объединился со своим старшим братом Ларри (сейчас Лана Вачовски) и начал работать над фильмами. Первый сценарий, написанный Энди, Ларри и Брайаном Хэйгеландом стал основой фильма Наемные убийцы, вышедшего в 1995 году. В картине снялись актеры Сильвестр Сталлоне, Антонио Бандерас и Джулианна Мур.

В 1996 году состоялся ​​режиссерский дебют Вачовски в триллере Связь, они выступили также как сценаристы и продюсеры. Вслед за этим Вачовски выпустили фильм Матрица (1999), который принес мировую популярность и стал хитом. В 2003 году вышли два успешных продолжения этого фильма Матрица: Перезагрузка и Матрица: Революция.

Следующие проекты Вачовски включают в себя культовий хит "V" значит Вендетта (2005) и Спиди гонщик (2008).

В 2012 году Энди и Лана Вачовски совместно с Томом Тыквером сняли фильм "Облачный атлас". Бюджет фильма составил 100 млн. долларов. Главные роли в фильме сыграли Том Хэнкс, Холли Берри, Джим Броадбент, Хьюго Уивинг, Джим Стерджесс, Пэ Дуна, Бен Уишоу, Джеймс Д'Арси и Сюнь Чжоу.

Энди был женат на Алисе Blasingame с 1991 года.