Хавьер Пасторе родился 20 июня 1989 года. Пасторе имеет итальянские корни.

Начал свою карьеру в 1998 году в клубе «Тальерес». В 2007 году состоялся дебютл в основном составе «Тальереса», выступавшего во втором дивизионе чемпионата Аргентины.

В начале 2008 года Пасторе перешёл в «Уракан», на правах аренды. 24 марта 2008 года дебютировал в матче с «Ривер Плейтом», игра закончилась для его клуба проигрышем 0:1. С Клаусуры 2009 Пасторе стал игроком основного состава команды. В матче с «Ривер Плейтом» открыл счёт ударом с 25-ти метров, его клуб победил 4:0.

11 июля 2009 года Хавьер Пасторе перешёл в итальянский клуб «Палермо», трансфер обошолся в 8 млн евро. Пасторе дебютировал в составе «Палермо» 15 августа 2009 года в матче с клубом СПАЛ, завершившимся победой «росанеро» 4:2. 8 дней спустя он дебютировал в чемпионате Италии в матче с «Наполи», который принес клубу Хавьера победу 2:1. Осенью УЕФА вклюсила Хавьер Пасторе в список семи самых перспективных игроков Европы.

30 января 2010 года Пасторе был забит первый мяч в составе «Палермо» в ворота «Бари». После травмы Фабио Симплисио, Хавьер Пасторе стал лидером «Палермо». За сезон 2009/2010 Хавьер провёл на поле 37 игр и забил 3 гола.

В начале сезона 2010/2011 Хавьер Пасторе забил свой первый гол в еврокубках в ворота «Марибора». В январе 2011 года Хавьер был назван лучшим молодым игроком чемпионата Италии, опередив Пато и Балотелли. В этом сезоне Хавьер Пасторе провёл 45 матчей и забил 13 голов. Его клуб дошёл до финала Кубка Италии, где проиграл «Интеру» 1:3.

6 августа 2011 года Пасторе перешёл в «Пари Сен-Жермен», контракт был заключен на 5 лет. Трансфер обошелся в 42 млн евро. 18 августа 2012 года состоялась первая игра в составе команды в матче Лиги Европы с люксембургским «Дифферданжем» (4:0). Через несколько дней Пасторе сыграл свой первый матч в Лиге 1 против «Валансьена» (2:1).