С 2000 по 2004 год Дженнифер Гарнер была замужем за актером Скоттом Фоли.

29 июня 2005 года Дженнифер вышла замуж за актера и режиссера Бена Аффлека. В этом браке Дженнифер родила троих детей: дочерей Вайолет Энн (родилась 1 декабря 2015 года) и Серафину Роуз (родилась 6 января 2009 года), и сына Сэмюэля Гарнера (родился 27 декабря 2012 года).

В июне 2015 года Дженнифер Гарнер и Бен Аффлек подали на развод.

В конце сентября того же года стало известно, что Дженнифер беременна от Бена, и пара старается наладить отношения.