Марио Манджукич родился 21 мая 1986 года в г. Славонски-Брод (Хорватия). Играл в клубе «Дицинген», расположенном неподалеку от немецкого Штутгарта, а затем перебрался на родину и начал выступления в составе «Марсонии».

В 2005 году перешел в «Загреб», где выступал на протяжении двух лет и настолько впечатлил скаутов столичного «Динамо», что в 2007 году получил предложение перейти в этот клуб на замену ушедшему в «Арсенал» Эдуардо да Силве.

Сумма трансфера составила 1.3 миллиона евро. Манджукич сходу заиграл в составе динамовцев и в квалификационном матче Кубка УЕФА против амстердамского «Аякса» забил два решающих мяча.

За 29 матчей в чемпионате футболист отметился 12 голами и 10 голевыми передачами.

14 июля 2010 года Марио Манджукича перешел из «Динамо» (Загреб) у «Вольфсбург» за € 8 миллионов.

27 июня 2012 года стало известно, что Марио Манджукич продолжит свою карьеру в «Баварии». По информации официального сайта мюнхенского клуба, футболист поставил подпись под четырехлетним соглашением с вице-чемпионом Германии. Сумма сделки составила 13 миллионов евро.

В сезоне 2012/2013 в составе «мюнхенцев» стал победителем Бундеслиги, Кубка Германии и выиграл Лигу чемпионов.

В сезоне 2013/2014 Марио провел в составе «Баварии» 48 матчей и забил за нее 26 голов, чем помог клубу вновь выиграть чемпионат и кубок страны.

9 июля 2014 года Марио Манджукич перешел в испанский клуб «Атлетико Мадрид» и подписал контракт рассчитаный на пять лет, сумма трансфера ориентировочно составила 22 миллиона евро.

Имеет опыт выступлений в составе молодежной сборной Хорватии. 17 ноября 2007 года в матче против Македонии Манджукич дебютировал за основную национальную команду.

В 2009-2010 годах принимал участие в отборе сборной на ЧМ-2010, а в 2012 году стал лучшим бомбардиром сборной на Чемпионате Европы 2012.

В 2012-2013 годах вместе со сборной Хорватии прошел квалификацию на ЧМ-2014 в Бразилии, во время которой отличился 3 забитыми голами и стал самым результативным игроком своей сборной в отборе.