Юрий Жирков родился 20 августа 1983 года в Тамбове. Отец — Валентин Иванович Жирков был рабочим завода «Ревтруд», а мать работала почтальоном. Юрий стал вторым ребёнком в семье. Семья Жирковых жила бедно. Иногда в их однокомнатной квартире, в которой проживали шесть человек, не было еды. Для того, чтобы не мешать родным, Юрий часто допоздна играл в футбол во дворе. В 1994 году Юрий по рекомендации школьного тренера поступил в ДЮСШ «Ревтруд».

Первым тренером Жиркова стал Валерий Васильевич Шарапов. В этом же году Юрий Жирков принял участие в футбольном турнире, который проходил в городе Камышин. По итогам турнира Жирков был признан лучшим полузащитником. Несмотря на это, по свидетельству самого Юрия, в детстве он не выделялся из других футболистов, был запасным игроком.

По окончании школы № 19, поступил в училище и начал обучение по специальности техник-электрик. Закончив училище, получил диплом о средне-техническом образовании.

В 2000 году Юрий присоединился к дублю тамбовского «Спартака». Там Жирков получал маленькую зарплату и для того, чтобы как-то помочь своей семье, он выступал на первенстве колхозов за деревню «Мордова», за победы он получал продукты. За эту команду в финале первенства района Юрий забил два мяча на последних минутах матча, это позволило «Мордове» стать чемпионом.

Летом 2001 года Юрий был дозаявлен за основной состав «Спартака», за который дебютировал 22 августа 2001 года, выйдя на замену на 88 минуте матча против калужского «Локомотива». В сезоне 2001 Жирков сыграл два матча, проведя на поле в общей сложности 4 минуты. Первый гол за «Спартак» Юрий забил 25 июня 2002 года в ворота ФК «Медик» Селятино на 2 минуте игры, в этом же матче Жирков оформил свой первый дубль, реализовав пенальти на 67 минуте. В сезоне 2002 Жирков провёл 19 матчей, в которых забил 10 голов.

В 2003 году Юрий провёл 36 матчей, в которых забил 16 мячей и четырежды признавался лучшим игроком матча. 25 сентября 2003 года Жирков забил четыре мяча в ворота футбольного клуба «Искра» Энгельс. Это был первый покер тамбовского «Спартака» в чемпионатах России. По итогам сезона Жирков занял второе место в споре бомбардиров в своём клубе

В середине декабря 2003 года стало известно о том, что Жирков подписал контракт с ЦСКА, за который выступал пять с половиной лет. 7 июля 2009 года Юрий Жирков перешел в лондонский "Челси".

Первую свою игру в официальном матче английской Премьер-лиги за «аристократов» Юрий провёл 20 декабря 2009 года, он вышел на замену на 76-й минуте матча «Вест Хэм Юнайтед» — «Челси», который закончился со счётом 1:1. Всего в этом сезоне провёл 17 матчей в чемпионате, не забил ни одного гола.

В 1/4 финала Кубка лиги 2 декабря 2009 против «Блэкберн Роверс» полузащитник провёл на поле все 120 минут и реализовал пенальти в послематчевой серии одиннадцатиметровых, матч закончился со счётом 3:3, в серии пенальти победил «Блэкберн» (4:3).

После переезда в лондонский «Челси» Юрий Жирков провёл в Лиге чемпионов 3 матча за свой новый клуб: 21 октября 2009 года Юрий дебютировал в турнире за «Челси» в матче против клуба «Атлетико Мадрид», на 73 минуте он заменил нападающего Саломона Калу, матч закончился крупной победой «Челси» 4:0. 25 ноября 2009 года Жирков вышел в основе «синих» в матче против «Порту», который закончился победой «Челси» 1:0.

А 8 декабря 2009 года в матче с клубом АПОЭЛ на 26-й минуте матча Юрий отметился голевой передачей на форварда своей команды Дидье Дрогба, сделавшего счёт 2:1 в пользу «аристократов», матч завершился вничью со счётом 2:2, а «Челси» вышел в плей-офф Лиги чемпионов.

Новый сезон для Жиркова начался с Суперкубка, где он вышел на 79 минуте, а его команда уступила Манчестеру Юнайтед со счетом 1:3.

В чемпионате Англии «Челси» выступали с переменным успехом и по итогам сезона заняли второе место, а Жирков провел 12 матчей в которых так и не смог отличиться. В Кубке Англии «аристократы» провели лишь два матча, а Юрий принял участие в обоих.

19 октября 2010 года Юрий Жирков забил свой первый официальный мяч за лондонский клуб. Произошло это в матче группового турнира Лиги чемпионов со «Спартаком». Благодаря этому мячу Жирков стал первым российским игроком, который отправил мяч в ворота своих соотечественников в рамках Лиги чемпионов. Всего в Лиге Чемпионов футболист провел семь матчей, а его клуб покинул розыгрыш на стадии 1/4 финала.

Летом 2011 года интерес к Жиркову выразили российские клубы — московские «Динамо» и «Спартак», а также «Рубин». По словам Сослана Джанаева, Жирков «очень хотел в „Спартак“ перейти сам, но Гинер и Абрамович отказались его продавать именно туда». Эти же слова подтвердил главный тренер «красно-белых», Валерий Карпин: «Он хотел и был готов вернуться в Россию. И если бы в „Челси“ могли его нам продать, Юра бы оказался в „Спартаке“».

В конце июля им заинтересовался махачкалинский «Анжи». 2 августа клуб и футболист договорились об условиях четырёхлетнего контракта. 6 августа Юрий официально стал игроком махачкалинского клуба. Сумма трансфера полузащитника составила 15 млн евро. По мнению Андрея Канчельскиса, Юрий вернулся в Россию, потому что побоялся конкуренции за место в стартовом составе «Челси».

По мнению Евгения Ловчева, Дмитрия Хохлова, Равиля Сабитова, Владимира Долгополова и футбольного агента Алексея Сафонова единственной причиной перехода Жиркова в «Анжи» стали деньги. При этом сам Юрий заявил, что для него главное футбол, и он надеется получать от него удовольствие в своей новой команде.

В первом матче Жиркова в качестве футболиста «Анжи» (товарищеская игра с Сербией в Москве) болельщики, недовольные переходом футболиста в стан дагестанской команды, освистали его. После матча президент РФС Сергей Фурсенко заявил, что такое отношение к Жиркову не останется без последствий.

14 августа Юрий дебютировал в составе «Анжи» в матче с московским «Спартаком», в котором его клуб проиграл 0:3. Этот матч стал 300-м для Юрия в профессиональной карьере. Первый гол за «Анжи» забил в 29-туре пермскому «Амкару».