Брайан Хью Уорнер родился 5 января 1969 года в Кентоне, штат Огайо. После окончания школы в 1987 году поступил в колледж для получения степени по журналистике. В качестве практике он писал статьи в музыкальный журнал, познакомился с несколькими музыкантами, позднее собравшимися в группу.

В 1989 году была создана группа «Marilyn Manson & the Spooky Kids» (в 1992 название сократили до Marilyn Manson). Помимо этого Мэнсон участвовал еще в двух проектах - «Satan on Fire», где играл на бас-гитаре и «Mrs. Scabtree», где он был барабанщиком. Группа привлекла внимание продюсера Трента Резнора, с помощью которого в 1994 году был записан первый альбом «Portrait of an American Family». Альбом имел большой успех, вышедший следом «Antichrist Superstar» - еще больший.

Концертные выступления группы характеризировались широким применением различных аттракционов; использовалось все, что могло усилить впечатление: бутерброды с ореховым маслом, которые разбрасывались со сцены, распятые или заключенные в клетки девушки, лысые козлиные головы, обнаженка и применение открытого пламени.

У Гэси (клавишные) была маленькая кабинка, подписанная «Pogo’s Playhouse», в которой находились его синтезаторы. Берковиц мог играть в юбке, лифчике и длинном парике из светлых волос, его гитара висела очень низко и изо рта торчала сигарета, дополняя образ «плохого парня». Все это использовалось для получения максимального эффекта.

В 2011 году группа выпустила восьмой студийный альбом. В ноябре 2011 года в одном из интервью гитарист Твигги Рамирез охарактеризовал новую запись, как панк-роковую интерпретацию третьего студийного альбома группы — Mechanical Animals.

Как участник успешной группы Мэнсон выступил продюсером для начинающей группы «Jack Off Jill», помог им со всеми ранними записями.

Актреский дебют Мэнсона состоялся в 1997 году в картине Дэвида Линча «Шоссе в никуда». После этого он играл эпизодические роли во многих фильмах.

Брайан также известен в качестве художника. Он рисует акварелью с 1999 года по сей день. На данный момент нарисовано более 150-ти картин. Картины Мэнсона выставлялись на выставках в Москве, Лос-Анджелесе, Майами, Афинах, Париже, Берлине, Вене и так далее.

В январе 2011 года Мэнсон совместно с известным режиссёром-сюрреалистом Дэвидом Линчем выпустили совместную книгу-каталог собственных работ, которые были показаны на выставке картин Мэнсона «Genealogies of Pain», проходившей в июне-июле 2010 года в Вене, Австрия.

До своих отношений с Дитой фон Тиз Мэнсон встречался с Мишель Гринберг и Роуз МакГоуэн. Мэрелин Мэнсон и Дита фон Тиз познакомились, когда он попросил ее танцевать в одном из его клипов. После его 32-го дня рождения они стали встречаться.

В марте 2004 года Мэнсон сделал ей предложение, подарив кольцо с бриллиантом в 7 карат. 28 ноября 2005 года пара поженилась, устроив маленькую, частную церемонию, а в декабре состоялась большая демонстрационная свадьба с сюрреалистическими костюмами и декорациями.

В декабре 2006 года фон Тиз подала на развод из-за «неразрешимых противоречий». В прессе ходили слухи о том, что у Мэнсона была связь с актрисой Эван Рейчел Вуд на съемках фильма «Фантасмагория: Видения Льюиса Кэррола», где Мэнсон играл главную роль.

Развод был официально оформлен 27 декабря 2007 года. По словам Мэнсона и Эван Вуд, их отношения все время прырывались и возобновлялись в течение нескольких лет, но в середине 2010 года они окончательно расстались.

В конце октября 2010 года в интернете появился слух, что Мэрилин Мэнсон встречается с победительницей шоу «Топ-модель по-американски» — КэриДи Инглиш. Слух был опровергнут самой КэриДи через её микроблог на сайте Twitter, где она заявила, что они просто друзья.