Лара Флинн Бойл родилась в американском городе штата Айова Давенпорте 24 марта 1970 года. В семье, которая вскоре распалась, была единственным ребенком. Лара жила с матерью в Чикаго. Сценическое искусство постигала в Чикагской академии искусств.

Впервые Лара Флинн Бойл появилась на экране в небольшой роли в картине 1986 года «Ferris Bueller’s Day Off». Вскоре актриса стала членом Актёрской гильдии. В дальнейшем она снялась в фильмах «Америка», «Полтергейст 3» и «Общество мёртвых поэтов».

Свою первую главную роль, которая сделала её знаменитой, Лара Флинн Бойл получила в популярном сериале «Твин Пикс». Она исполнила Донну Хейворд, подругу убитой Лоры Палмер. В 1991 году по окончании сериала его режиссёр Дэвид Линч снял полнометражную версию картины, которая вышла под названием «Твин Пикс: Огонь, иди со мной», в которой, однако, Бойл отказалась участвовать, ее заменила Мойра Келли.

После «Твин Пикса» актрисе начали поступать различные предложения о съемках, и в начале 1990-х годов она сделала себе имя, снимаясь в успешных и не очень картинах.

В 1997 году Лара Флинн Бойл прошла прослушивание и была утверждена на роль в сериале «Элли Макбил». В последующем для актрисы была специально создана роль Хелен Гембел, помощника окружного прокурора, в другом сериале того же года «Практика», в котором Бойл участвовала вплоть до 2003 года. За роль Хелен актриса была номинирована на премию «Emmy».

В 2002 году Лара Флинн Бойл исполнила одну из главных ролей в фантастической комедии «Люди в чёрном 2», а в 2005-ом вошла в основной состав сериала «Лас-Вегас». В 2007 году она снялась в небольшой роли в американской драме «Есть мечты — будут и путешествия», а в 2008-ом появилась в эпизоде сериала «Доктор Хаус».

Актриса является моделью агентства «Elite».