Алексей Учитель родился в Ленинграде 31 августа 1951 года в семье известного режиссёра-документалиста Ефима Учителя. Призвание отца послужило главную роль в выборе будущей профессии Алексея. Окончив школу, он поступает во ВГИК.

В 1975 году, после окончания ВГИКа, Алексей Учитель начинает работать на Ленинградской студии документальных фильмов. Первыми картинами Алексея как режиссера были документальные и художественно-публицистические ленты. В 1978 году он снял свой дебютный проект «Сто тысяч «я», затем были небольшие фильмы «Тебе доверена земля», «Планета «Наташа», «Последний герой» и другие. В 1990 году он основал собственную киностудию «Рок». Последнюю короткометраждку «Элита» Учитель снял в 1997 году.

А за два года этого Алексей Учитель дебютировал как режиссёр игровых фильмов, сняв картину «Мания Жизели». В 2000 году он получил премию «Нику» и номинацию на премию «Золотой глобус» за картину «Дневник его жены». Также фильм завоевал Гран-при в категории «лучший фильм» на Кинофестивале Кинотавр.

В 2001 году режиссер удостоился звания народного артиста России. Его картина 2003 года «Прогулка» выиграла Главный приз Кинофестиваля «Окно в Европу-2003», проходящего в Выборге, а также получила несколько призов на 13-м международном фестивале восточноевропейского кино.

В 2005 году Алексей Учитель снимает очередной фильм - «Космос как предчувствие», который получил главный приз XXVII Московского международного кинофестиваля и премию Золотой Орёл за режиссуру. В 2008 году на экраны вышел пятый полнометражный фильм Алексея Учителя «Пленный», отмеченный призом «За лучшую режиссуру» на 43-м международном кинофестивале в Карловых Варах.

А работа Учителя 2010 года «Край» была удостоена четырех наград «Золотой орёл» и номинацию на премию «Золотой глобус» как «лучший фильм на иностранном языке».

С 2010 года Алексей Учитель является президентом Международного Кинофестиваля «Послание к Человеку».