Стефан Эль-Шаарави сын египтянина и итальянки. Он начал заниматься футболом в футбольной академии Леджино, откуда перешёл в молодёжный состав клуба «Дженоа».

21 декабря 2008 года, в возрасте 16-ти лет, Эль-Шаарави дебютировал в составе клуба в гостевой игре серии А с «Кьево», в котором генуэзцы победили 1:0. Однако в сезоне 2008/2009 Эль-Шаарави более не выходил на поле в составе первой команды, выступая за молодёжный состав.

В 2009 году Эль-Шаарави забил два гола в финале молодёжного Суперкубка Италии, в противостоянии с молодёжью «Палермо», которая закончилась со счётом 6:7 по пенальти (2:2 в основное и дополнительное время) в пользу пармезанцев.

27 июня 2010 года, перешёл на правах аренды в «Падову», в Серию Б. 10 сентября 2010 года, Эль-Шаарави забил свой первый гол среди профессиональных игроков против «Реджины» в матче, который «Падова» выиграла 4:0.

25 июня 2011 года Эль-Шаарави стал игроком «Милана». Однако ещё до начала сезона он получил травму колена. Дебютировал в основном составе 18 сентября 2011 года в гостевом матче чемпионата Италии против «Наполи». В следующем туре чемпионата, 21 сентября, забил свой первый гол за «Милан», сравняв счёт в домашней игре с «Удинезе» (2:1).

Эль Шаарави выступал в составе сборной Италии до 17 лет на чемпионате мира в Нигерии и чемпионате Европе 2009 в Германии.