Джердан Шакири (также произносится Джердан Шачири) родился 10 октября 1991 года в г. Гнилане (СФРЮ).

Ребёнком Шакири переехал в Швейцарию. Юниором играл в «Аугусте», откуда перебрался в детскую команду «Базеля».

В 15-летнем возрасте Джердан стал лучшим игроком юношеского турнира Nike Cup, после чего он стал объектом интереса нескольких клубов, но остался в «Базеле».

2 января 2009 года Шакири подписал первый профессиональный контракт, а 12 июля дебютировал во взрослой команде в матче с «Санкт-Галленом». 9 ноября швейцарец открыл счёт своим голам за «Базель», забив в ворота «Ксамакс».

Во взрослой сборной дебютировал 5 июня 2010 года, выйдя на замену на 88-й минуте в матче с командой Италии. В том же 2010 году игрок был включён в заявку на чемпионат мира, где один раз вышел на поле. Шакири был одним из самых юных участников турнира.

В феврале 2012 года подписал с мюнхенской «Баварией» четырёхлетний контракт, срок действия которого начинался с 1 июля 2012 года. В клубе Джердан выбрал себе 11 номер.