Кольбер родился 13 мая 1964 года в г. Вашингтон (округ Колумбия), вырос в Чарлстоне (Южная Каролина), в семье врача, будучи самым младшим из одиннадцати детей.

Его отец умер в 1974 году вместе с двумя сыновьями Питером и Полом в авиакатастрофе. Стивен учился в школах Porter Gaud School, Hampden-Sydney College и School of Speech and Communication при Северо-западном университете, где посещал в том числе уроки актёрского мастерства.

Кольбер женат на Эвелин МакГи}-Кольбер, имеет троих детей. Считает себя сторонником демократов.

В 2008 году, профессор Джейсон Бонд назвал новый вид паука Aptostichus stephencolberti в честь Кольбера.

В одном из первых выпусков «The Colbert Report» Кольбер использовал придуманное слово «Truthiness» (от англ. truth — правда), ставшее впоследствии словом года 2005.

Весной 2006 года журнал Time причислил Стивена Кольбера к сотне наиболее влиятельных людей года.

29 апреля 2006 года Кольбер выступил на ежегодном ужине Ассоциации корреспондентов Белого дома, прочитав сатирическую речь, в которой он резко критиковал правительство Джорджа Буша и самого президента лично.

Его выступление вызвало множество отзывов в СМИ. Видео-запись речи на протяжении как минимум пяти месяцев оставалась на первом месте в рейтинге наиболее скачиваемых видео iTunes Store.

В начале 2009 года Стивен призвал зрителей своего ТВ-шоу проголосовать в онлайн-опросе NASA на тему того, как лучше назвать новый модуль Международной космической станции. Стивен предложил назвать его своей фамилией — COLBERT.

Несмотря на то, что он победил, модуль был назван Tranquility, однако несколько месяцев спустя именем Стивена был назван спортивный тренажер для Международной космической станции, доставленный на нее и установленный осенью 2009 года.