В январе 2009 на передаче "Hat Trick Barca", программе на Канале 33, он заявил: "У меня есть подруга, и она живет в Аргентине, и я счастлив с ней". Он был замечен с девушкой, Антонеллой Роккуззо, на карнавале в Сайтгез после дерби Барселона-Эспаньол. Рокказзо - также родилась в Росарио.

В начале июня 2012 года стало известно что Лео станет отцом, его подруга модель Антонелла Роккуззо ждет ребенка: "Я думаю, это будет мальчик, - сказал Месси. - Мы не хотели ничего говорить, поскольку никогда не распространяемся на тему своей личной жизни. Но поскольку нас постоянно спрашивают об этом, мы решили поделиться своей радостью".

2 ноября 2012 года у Лионеля и Антонеллы в больнице Барселоны родился сын, которого назвали Тьяго.

Он является лицом видеоигр Pro Evolution Soccer 2009, Pro Evolution Soccer 2010 (наряду с Фернандо Торресом), FIFA 13, вовлечен в рекламные кампании для игры. К тому же он является лицом фирм: Storkman, A-Style, Mirage, el Banco Sabadell, YPF, MASTERCARD , Garbaino, Xbox, MCDONALD’s, Danone, Pepsi, Movistar, Adidas.

В мае 2013 года студия Epic Pictures Group приобрели права на книгу Луки Кайоли "Месси: история о мальчике, который стал легендой" и приступила к работе над фильмом, которая увидит свет накануне чемпионата мира 2014 года в Бразилии. По словам основателей проекта, их целью является "позитивная пленка, которая покажет общественности, что человек может преодолевать абсолютно любые трудности".