Моуринью познакомился со своей женой Матильдой, родившейся в Анголе, когда они были подростками, в португальском городе Сетубал. Жозе и Матильда поженились в 1989 году.

Их первый ребенок, дочь Матильда, родилась в 1996 году. Четыре года спустя у них появился сын, Хосе Мари-младший. Моуринью, посвятивший себя футболу, описывает свою семью как центр его жизни и считает, что «самое главное — просто быть хорошим отцом». Он был выбран человеком 2005 года и был охарактеризован как человек «семьи и работы».

Широко известен своим сильным характером, мимикой лица, жестикуляцией и скандальными комментариями на пресс-конференциях.

23 марта 2009 года был удостоен докторской почетной степени Лиссабонского технического университета за его достижения в футболе.