С 18 марта 1997 по 3 ноября 2001 года Джованни Рибизи был женат на актрисе Мэрайи О'Брайен. В этом браке у Джованни 6 августа 1997 года родилась дочь Лючия Сантина.

С 2006 по февраль 2012 года Джованни встречался с певицей Cat Power.

В марте 2012 года Рибизи познакомился с английской моделью Агнесс Дейн, а уже 16 июня 2012 года они поженились.

В январе 2015 года стало известно, что Джованни Рибизи подал на развод.

Рибизи, как и его сестра актриса Марисса Рибизи, приверженец Саентологической Церкви.