Юнг родился в семье пастора швейцарской реформаторской церкви в Кесвиле в (Швейцарии). Дед и прадед со стороны отца были врачами. Карл Густав Юнг закончил медицинский факультет университета в Базеле.

С 1900 по 1906 год работал в психиатрической клинике в Цюрихе в качестве ассистента известного психиатра Э. Блейера.

В 1909—1913 годах сотрудничал с Зигмундом Фрейдом, играл ведущую роль в психоаналитическом движении: был первым президентом Международного психоаналитического общества, редактором психоаналитического журнала, читал лекции по введению в психоанализ.

В 1907—1910 годах Юнга в разное время посещали московские психиатры Михаил Асатиани, Николай Осипов и Алексей Певницкий.

В 1911 году Юнг выходит из Международной психоаналитической ассоциации и отказывается от техники психоанализа в своей практике.

Тем не менее, он разработал собственную теорию и терапию, названную им «аналитической психологией». Своими идеями он оказал значительное влияние не только на психиатрию и психологию, но и на антропологию, этнологию, культурологию, сравнительную историю религии, педагогику, литературу.

В своих трудах Юнг охватил широкий спектр философско-психологической проблематики: от традиционных для психоанализа вопросов терапии нервно-психических расстройств до глобальных проблем существования человека в обществе, которые рассматривались им сквозь призму собственных представлений об индивидуальной и коллективной психике и учения об архетипах.

В 1935 году Юнг был назначен профессором психологии швейцарской политехнической школы в Цюрихе. Тогда же он становится основателем и президентом Швейцарского общества практической психологии.

Ряд историков обвиняет Юнга в сотрудничестве с нацистским режимом и Государственным институтом психотерапии, курируемым Германом Герингом. Доподлинно известно, что после прихода к власти нацистов в 1933 году Юнг вошёл в правление Немецкого психотерапевтического общества (Allgemeine Ärztliche Gesellschaft für Psychotherapie).

Его работа 1936 года «Wotan» об арийской мифологии, где Фюрер назван «медиумом коллективного бессознательного», была высоко оценена Гитлером, а её автор был назначен президентом Немецкого психотерапевтического общества.

Размежевание с психоанализом в эти годы стало для Юнга не только теоретически закономерно, но и политически оправдано, поскольку работы Фрейда, еврея по происхождению, были изъяты из всех библиотек и публично сожжены, а психоанализ официально признан вредоносным учением. Однако его биограф Рихард Ноль (Richard Noll), очевидно, оправдывая Юнга, отмечает, что хотя он, «вероятно, разделял антисемитские воззрения, но сам никогда не был членом национал-социалистской партии».

С 1933 по 1942 вновь преподавал в Цюрихе, а с 1944 — в Базеле.

С 1933 по 1939 год издавал «Журнал по психотерапии и смежным областям» («Zentralblatt für Psychotherapie und ihre Grenzgebiete»), который поддерживает национальную и внутреннюю политику нацистов по очищению расы, а выдержки из «Mein Kampf» становятся обязательным прологом к любой публикации.

После войны Юнг открещивался от редактирования этого журнала, объясняя свою лояльность Гитлеру требованиями времени. В интервью Кароль Буаман 1948 года в качестве оправдания своего сотрудничества с нацистским режимом Юнг не находит ничего лучше как заявить, что «среди его коллег, знакомых и пациентов в период с 1933 по 1945 было много евреев».

Хотя и тогда и сейчас ряд историков упрекают Юнга в сотрудничестве с нацистким режимом, он никогда не был осуждён официально и, в отличие от Хайдеггера, ему было разрешено продолжить преподавание в университете.

Среди публикаций Юнга этого периода: «Отношения между Я и бессознательным» («Die Beziehungen zwischen dem Ich und dem Unbewussten», 1928), «Психология и религия» («Psychologie und Religion», 1940), «Психология и воспитание» («Psychologie und Erziehung», 1946), «Образы бессознательного» («Gestaltungen des Unbewussten», 1950), Символика духа («Symbolik des Geistes», 1953), «Об истоках сознания» («Von den Wurzeln des Bewusstseins», 1954).

В апреле 1948 года в Цюрихе был организован Институт Юнга. Институт вёл подготовку на немецком и английском языках. Сторонники его метода создали Общество аналитической психологии в Англии и подобные общества в США (Нью-Йорке, Сан-Франциско и Лос-Анджелесе), а также в ряде европейских стран.

Густав Юнг умер в своем доме 6 июня 1961 в Кюснахте.