В 2011 года на День благодарения Морена Баккарин вышла замуж за режиссера, сценариста и продюсера Остина Чика.

В мае 2013 года стало известно, что пара ждет ребенка.

22 октября 2013 года у супругов родился сын. Мальчику дали имя Джулиус Чик.

В июле 2015 года Остин Чик подал документы на развод.

С 2015 года Морена состоит в фактическом браке с актёром Беном МакКензи. 24 сентября того же года стало известно, что пара ожидает появления своего первенца, второго ребёнка для Баккарин.