В январе 2007 журнал «People» объявил, что Дженнифер Моррисон в Париже во время рождественских праздников обручилась с актером Джесси Спенсером. Однако в августе 2007 года они объявили о расторжении помолвки.

С мая 2012 года Моррисон встречается с актером Себастианом Стэном.