Кэйсукэ Хонда родился 13 июня 1986 года в небольшом городке Сеццу, префектуры Осака, Япония. Там же он и начал свою футбольную карьеру в одноименном клубе, обучаясь во втором классе начальной школы.

В юношеском возрасте Кэйсукэ перешел в осакийскую «Гамбу», однако, там в в молодом человеке не разглядели таланта и не приняли даже в дублирующий состав.

Второй шанс Хонда получил в 2004 году, когда его команда вышла в полуфинал Кубка старших школ. Показав великолепную игру на протяжении всего турнира, полузащитник попал «на карандаш» к скаутам многих японских клубов, и, в 2005 году, заключил свой первый профессиональный контракт с одним из лидеров J-лиги «Нагоя Грампус Эйт».

С первого же сезона Хонда закрепился в основе своего нового клуба и вполне логичным стал его вызов в национальную сборную Японии, в майке которой он вышел на поле лишь в 2008 году, после того, как перешел в голландский «ВВВ-Венло». Кейсуке неплохо дебютировал в новой стране, но его команда все равно вылетела из высшей лиги, впрочем, ненадолго… Уже в следующем сезоне «Венло» вернулся в элиту нидерландского футбола и главным двигателем атак «хороших стариков» стал японец, за два сезона 68 раз вышедший на поле и забивший 24 мяча.

Блестящая игра хавбека привлекла к нему интерес многих европейских грандов, таких как «Аякс», «Челси» и «Ливерпуль», однако, в конце 2009 года Хонда перебрался в московский ЦСКА, став первым «самураем» в чемпионате России. Кейсуке сразу прижился в стане «армейцев» за свою дисциплинированность и пунктуальность, придерживаться которой, японцу помогает странная привычка носить две пары часов на обеих руках. Полузащитник полюбился и поклонникам «красно-синих», ведь именно его гол в ворота «Севильи» впервые в истории вывел ЦСКА в ¼ финала Лиги Чемпионов.

14 июня 2010 года забил первый гол сборной Японии на чемпионате мира 2010 года, поразив ворота камерунской сборной, принеся своей команде первую победу, одержанную в матче финального турнира Чемпионата мира, проходящего за пределами Японии. А 24 июня в матче против сборной Дании, Кейсукэ забил второй мяч за сборную на чемпионате мира, забив Томасу Соренсену со штрафного. По окончании чемпионата мира итальянский «Милан» предложил за трансфер Хонды 10 млн евро, но ЦСКА отклонил предложение.

Летом 2012 года в отборочном матче Чемпионата мира 2014 года против сборной Иордании Кэйсукэ Хонда сделал свой первый хет-трик за сборную.

В конце 2013 года «Милан» и ЦСКА пришли к соглашению и 5 января 2014 года Хонда покинул стан «армейцев».

12 января 2014 года Кэйсукэ исполнил свою первую игру в новом клубе, выйдя на замену вместо Робиньо в матче против «Сассуоло». Свой первый гол Хонда забил 15 января в матче против «Специи» в рамках 1/8 финала Кубка Италии, который окончился со счетом 3:1 в пользу туринского клуба.