А в июне 1998 года решил жениться. С Рэйчел Майнер они познакомились еще в Нью-Йоркской профессиональной детской школе. На момент свадьбы обоим было по семнадцать лет. Рэйчел тоже была актрисой и снималась в сериалах. Этому браку было суждено продлиться не более двух лет. К настоящей семейной жизни они оба не были готовы.

В мае 2002 года Маколей Калкин начал встречаться с актрисой Милой Кунис.

В конце 2010 года Мила и Маколей решили остаться друзьями - молодые люди пришли к выводу, что должны идти по жизни разными путями.

21 декабря 2012 года Маколей Калкин совершил попытку самоубийства, приняв рискованную дозу таблеток. Причиной оказалась депрессия, вызванная расставанием с Милой Кунис.

В ноябре 2013 года Калкин начал встречаться с актрисой Джордан Лэйн Прайс.