Летом 2011 года Прохора связывали романтические отношения с актрисой Светланой Светличной.

В конце 2011 и 2012 годах Прохор Шаляпин встречался с моделью и певицей Аделиной Шариповой. Пара даже планировала женится и прибегнуть к услугам суррогатной матери, чтобы родить ребенка, но затем рассталась.

В конце 2012 года Прохор познакомился с бизнесвумен Ларисой Копенкиной, которая старше его на 22 года. Летом 2013 года Шаляпин сделал Ларисе предложение.

15 декабря 2014 года Прохор Шаляпин объявил о том, что он ожидает появления ребенка от певицы и модели Анны Калашниковой. Тогда же стало известно о разводе Шаляпина с Копенкиной.

В марте 2015 года Анна Калашникова родила Прохору сына.